Jürgen Banholzer erhielt entscheidende Impulse für sein Orgelspiel bei J. D. Christie in Boston und studierte dann bei L. Lohmann in Stuttgart und bei J. Boyer am CNSM in Lyon. Es folgte ein Gesangsstudium an der Schola Cantorum Basiliensis. Im Fach Musikwissenschaft promovierte er an der Universität Mainz. Als Organist gab er Konzerte in Deutschland, Österreich, Italien, Frankreich, Polen und der Schweiz. 2021 erschien bei frabernardo die CD »O güldnes Licht«, eingespielt an der Hus-Schnitger-Orgel in St. Cosmae, Stade, zusammen mit dem Tenor Georg Poplutz. 2022 hat er ein musikalisch-literarisches Programm um Johann Kuhnaus Biblische Sonaten entwickelt (»Dann bist du nicht der Gott, den ich schuf aus meinen Tränen«), das er an verschiedenen historischen Orgeln zusammen mit der Schauspielerin Johanna Krumstroh präsentierte. Als Continuospieler auf Cembalo und Orgel ist er dem Johann Rosenmüller Ensemble seit vielen Jahren verbunden, außerdem war er Gast bei Ensembles wie dem Freiburger Barockorchester. Zusammen mit der österreichischen Salteriospielerin Margit Übellacker gründete er das Ensemble La Gioia Armonica, das unter seiner Leitung Ersteinspielungen bislang unveröffentlichter Werke von Antonio Caldara, Johann Georg Reutter, Giambattista Martini und Antonio Sacchini vorlegte. Über die bei cpo, Ramée und Radio Bremen erschienenen CDs urteilte die Fachpresse: »eine wunderbare Palette von bezaubernden Farben und berückenden strukturellen Effekten« (Early Music); »brilliante Interpretation« (Goldberg); »atemberaubend schön« (BBC Music Magazine). Das Ensemble gastierte u.a. bei den Händelfestspielen in Halle, bei Ton Koopmans Festival Itinéraire Baroque, beim Bachfestival Dordrecht, beim Bachfestival in Tallinn, beim Early Music Festival in Timisoara, Bagnacavallo Classica, den Bruchsaler Schloßfestspielen und den Mitteldeutschen Heinrich-Schütz-Tagen. Seit 2017 unterrichtet Jürgen Banholzer bei den Internationalen Alte Musik Sommerkursen in Valtice, Tschechien. Er war Lehrbeauftragter an der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz.
